Bhataramedia.com – Melalui sekuensing genom strain virus Ebola yang beredar di Guinea, telah memungkinkan para ilmuwan di Institut Pasteur di Dakar dan di Paris, CNRS dan University of Sydney untuk menelusuri penyebaran virus dan memantau evolusi di negara di mana wabah ini dimulai.
Penelitian ini mengungkapkan sirkulasi virus di Guinea, khususnya di daerah perkotaan ibukota dan kota-kota tetangga, dari tiga varian mutasi virus yang berbeda. Penelitian mengenai tiga virus ini dijelaskan dalam sebuah artikel yang diterbitkan di jurnal Nature.
Karakterisasi variasi genetik dari virus sangat penting untuk memastikan keampuhan berkelanjutan dari alat diagnostik dan untuk pengembangan pengobatan dan vaksin yang efektif.
Dilansir Institut Pasteur (24/06/2015), epidemi ebola telah berlangsung di Afrika Barat selama lebih dari setahun, dengan 27.341 kasus yang dilaporkan, serta 11.184 berakibat fatal. Sumber epidemi telah dilacak ke daerah hutan di Tenggara Guineatempat di mana virus ebola dengan cepat menyebar ke ibukota, Conakry dan ke negara-negara tetangga. Pada bulan Maret 2014, Institut Pasteur di Dakar mendirikan laboratorium bergerak di rumah sakit Donka (Conakry), untuk menyediakan layanan diagnostik di seluruh Guinea. Keterlibatan relawan dari Institut Pasteur dan jaringannya di Conakry dan daerah lainnya dari Guinea seperti Macenta, berlangsung konstan selama epidemi.
Pemantauan perkembangan genom virus Ebola adalah kunci untuk mengembangkan strategi pengobatan yang lebih baik, merancang vaksin yang efektif dan memastikan kemanjuran berkelanjutan dari alat diagnostik. Untuk tujuan ini, para ilmuwan dari Institut Pasteur di Dakar dan Paris, CNRS dan University of Sydney berkontribusi pada upaya internasional untuk memerangi penyakit ini, dengan megkarakterisasi isolat virus Ebola yang beredar di Guinea antara Juli dan November 2014.
Sekuensing virus dari sampel langka yang hanya berisi sejumlah kecil bahan biologis, telah dioptimalkan dalam upaya kolaborasi dengan para ilmuwan dari Broad Institute (Cambridge, USA), yang sudah dikerahkan di Sierra Leone. Analisis dari urutan ini mengungkapkan adanya tiga varian yang berbeda dari virus yang beredar di Guinea, dan lebih dinamis daripada yang diamati di Sierra Leone dan Liberia.
Varian pertama berkaitan erat dengan virus yang diambil di awal epidemi pada bulan Maret 2014. Varian ini hanya ditemukan di Guinea, baik di daerah perkotaan (Conakry) dan daerah hutan.
Varian kedua terkait dengan virus yang beredar di Sierra Leone, tetapi dapat bertanggung jawab untuk evolusi paralel di Guinea. Urutan ini merupakan ‘missing link’ yang mengarah ke dua awal introduksi Ebola terpisah di Mali, pada bulan Oktober dan November 2014.
Varian ketiga diidentifikasi di Conakry dan kota-kota sekitarnya (Forecariah, Dalaba dan Coyah). Kesamaan antara varian ini dengan virus yang ditemukan di Sierra Leone, dikombinasikan dengan data epidemiologis, menyoroti beberapa reintroduksi Ebola dari Sierra Leone ke daerah sekitar Conakry.
Setiap varian didefinisikan oleh kombinasi mutasi yang mempengaruhi protein virus yang berbeda, khususnya protein VP35, yang mungkin menjadi faktor virulensi (ampol virus, glikoprotein), yang dapat mengubah persepsi sistem kekebalan tubuh terhadap virus (polimerase).
Meskipun studi ini menyoroti keragaman genetik dari virus yang beredar di Guinea selama penyebaran epidemi, studi ini juga menunjukkan tingkat mutasi virus ebola. Pemantauan variasi virus merupakan pelengkap yang kuat untuk studi epidemiologi yang menelusuri rantai transmisi dan akan memungkinkan penargetan strategi respon yang lebih baik untuk menghadapi potensi epidemi baru.
Terakhir, studi mengenai variasi genetik virus Ebola yang telah dengan cepat tersedia untuk masyarakat ilmiah ini, akan membantu mengoptimalkan pengobatan dan vaksin yang sedang dikembangkan.
Referensi Jurnal :
Amadou A. Sall et al. Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic. Nature, June 2015 DOI: 10.1038/nature14612.
